Nel 2001 subentrò il primo stemma “propriamente detto”, costituito da un cerchio decorato con un motivo a scacchi romboidali bianchi e rossi, con al centro un pallone da calcio e circondato da una corona circolare a sua volta bianca e rossa, contenente il nome della squadra (FC Südtirol-Alto Adige). Nell’estate 2001 il tribunale civile di Firenze avviò una procedura di fallimento a carico della società, che, nonostante le cessioni dei suoi giocatori più illustri come Batistuta, Rui Costa e Toldo, versava in una grave crisi di bilancio. Nonostante la penalizzazione iniziale, la Pistoiese riesce, nel campionato di 1999-2000, a salvarsi, grazie alla guida del tecnico Andrea Agostinelli, fautore della promozione, classificandosi al sedicesimo posto, dopo il doppio spareggio salvezza che condanna il Cesena alla retrocessione in Serie C1. La risalita prosegue fino ad aprile, con il raggiungimento del settimo posto, ma una sconfitta all’ultima giornata contro il Siviglia fa scivolare i baschi all’ottavo posto finale.

Particolarmente scioccante è quella contro il modesto Formentera nei sedicesimi di finale di Coppa del Re, mentre dall’Europa League il Bilbao esce agli ottavi di finale contro l’Olympique Marsiglia poi finalista del torneo. Nel 1998 l’Athletic Club festeggia il suo centenario con la qualificazione alla Champions League. Nella stagione 2013-2014, con un sorprendente quarto posto in campionato, il Bilbao, guidato di nuovo da Ernesto Valverde, ottiene l’accesso ai preliminari di Champions League, ritornando così nella massima competizione europea dopo sedici anni. I tre club che finiscono 18°, 19° e 20° in campionato vengono automaticamente retrocessi alla divisione inferiore, la Serie B. In cima alla classifica, Squadra al primo posto vince il titolo di campione d’Italia, noto come “scudetto”, e i club al secondo, terzo, quarto e quinto posto hanno diritto a partecipare alle coppe europee, alla Champions League e all’Europa League. Per celebrare l’evento viene fatta confezionare una maglia bianca con maniche verdi e rosse, che riprendono il tricolore della bandiera italiana; la stessa maglia viene donata al celebre viareggino Marcello Lippi in occasione del “Lippi Day”, la festa che la città gli ha tributato all’indomani della vittoria ai Mondiali di Germania 2006. Nella stagione successiva i bianconeri vincono, con tre giornate d’anticipo, il girone E del campionato di Serie D. Al primo anno in Serie C2, la squadra si classifica al 14º posto ed è condannata ai play-out.

Gli subentra il tecnico della squadra riserve, Gaizka Garitano, con cui il rendimento della squadra migliora, tanto che nella prima settimana del 2019 la squadra si tira fuori dai bassifondi della classifica. Nel 2023-2024 la squadra si aggiudica nuovamente la Coppa del Re dopo quarant’anni, battendo per 4-2 ai tiri di rigore il Maiorca dopo aver eliminato ai quarti di finale il Barcellona e in semifinale l’Atlético Madrid. Nel 2009 l’Athletic, guidato dal tecnico Joaquín Caparrós, riesce ad ottenere il grande risultato di arrivare in finale di Coppa del Re contro il Barcellona, ma è battuto per 4-1, magliecalcioshop dopo l’inutile vantaggio siglato da Gaizka Toquero. Oltre che sul piano sportivo il centenario viene festeggiato in vari modi, tra i quali un concerto di Luciano Pavarotti al San Mamés, un’amichevole casalinga contro il Brasile e una carovana in viaggio per vari luoghi della Biscaglia. 3 giugno 1971 all’Elland Road di Leeds, che valse il definitivo 1-1 nella finale di ritorno di quell’edizione tra un’imbattuta Juventus e il Leeds Utd, con gl’inglesi a sollevare il trofeo per la regola dei gol in trasferta. Nella stagione 2021-2022 l’Athletic sfiora il ritorno nelle coppe europee classificandosi ottavo, a quattro punti dal settimo posto, mentre in Coppa del Re il cammino si interrompe in semifinale per mano del Valencia, che perderà poi la finale del torneo.

Il sesto posto in campionato, con 58 punti (gli stessi del Siviglia quinto e dell’Atlético Madrid settimo), garantisce il ritorno in Europa League per la stagione seguente. Dopo l’acquisto (non senza polemiche) di Joseba Etxeberria dalla Real Sociedad per 55 milioni di pesetas, la squadra è costretta a lottare per non retrocedere, ottenendo la salvezza solo all’ultima giornata di campionato. Al termine della stagione lasciano il club vari veterani, tra cui Joseba Etxeberria e Armando Ribeiro, che si ritirano dal calcio giocato, e Francisco Yeste e Iñaki Muñoz, partenti per la conclusione del contratto. Le motivazioni alla base della decisione dell’acquisto sono state l’interesse ad evitare che l’antenna venisse demolita da parte della RAI e che il circostante parco alberato, diventando di proprietà comunale venisse trasformato in un parco pubblico attrezzato per la città. Le due stagioni successive, però, sono molto altalenanti e prive di successi, sia in campo nazionale che internazionale.