EL CB Ciudad de Huelva fue el heredero natural del Huelva 76, nba camisetas baratas fundado en 1976 y que compitió en la Tercera División (cuarta categoría del baloncesto nacional). Ese año fue el último del club con la denominación Caja Huelva. El debut como local tuvo lugar en la segunda jornada ante el Pamesa Valencia en el Palacio de Deportes de Sevilla, cancha del Caja San Fernando ya que el Polideportivo Andrés Estrada no cumplía con las condiciones para acoger partidos de la ACB; el Ciudad de Huelva volvió a caer por un igualado 67-71. Tras una nueva derrota ante el Cáceres Club Baloncesto (99-93) en tierras extremeñas, el Ciudad de Huelva consiguió, al fin, la victoria en Sevilla ante el León Caja España por 75-68 con un espectacular Marques Bragg (26 puntos y 15 rebotes para una valoración de 45) y con más de 1000 onubenses en las gradas sevillanas acompañando al equipo en su último partido en el destierro. Tras una dura derrota ante Unicaja (90-62), el equipo de Huelva se preparaba para debutar en un reformado Polideportivo Andrés Estrada en la sexta jornada ante el Fórum Valladolid, pero los 4000 aficionados que, por primera vez en la historia, veían Liga ACB en Huelva no pudieron disfrutar de una victoria de su equipo, que perdió (81-88). La dinámica negativa del CB Ciudad de Huelva se prolongó hasta el mes de noviembre, con 11 derrotas en 12 partidos.
El Ciudad de Huelva había conseguido en un par de semanas lo mismo que en toda la primera vuelta, pero todos los sectores del club sabían que era prácticamente inevitable disputar el playoff por la permanencia; aun así, el equipo onubense logró su quinta victoria en la 24.ª jornada ante el Caja San Fernando (85-84), logrando salir de la última posición en la que estaba instalado desde hace meses; en la siguiente jornada, una nueva victoria en la pista del Caja Cantabria (80-81) le dejó a un partido de tener el factor cancha a favor en los playoffs, pero volvió a encadenar varias derrotas consecutivas que le situaron a 4 jornadas del final en la última posición y a dos partidos del Ourense, penúltimo. La segunda vuelta comenzó con la primera victoria del Ciudad de Huelva en el Andrés Estrada ante el Ourense Xacobeo 99 (85-76) y, en la siguiente jornada, sorprendió al Pamesa Valencia (74-75), logrando dos victorias consecutivas. La temporada 1989/90 comienza con la feliz noticia de que el Caja Huelva es repescado para jugar en Primera “B”; el equipo onubense realiza una gran campaña y con el puertorriqueño Jerome Mincy logra clasificarse por primera vez en su historia para el playoff de ascenso a la Liga ACB, pero cayó en el playoff ante un verdugo conocido, el Obradoiro.
En la campaña 1993/94, el Monte Huelva le confía el banquillo al recién retirado Quino Salvo con Sergio Valdeolmillos como su segundo; el técnico vigués guía al equipo a sus quintos playoffs de ascenso consecutivos, siendo eliminados por el Sant Josep de Badalona. Tras una campaña irregular, el Monte Huelva venció en los playoffs por la permanencia al Caja San Fernando, eludiendo así el descenso de categoría. La temporada 1995/96 fue la última del club como Monte Huelva, con la llegada del carismático Ray Smith y una masa social cada vez más importante, el cuadro onubense completa una buena temporada y se clasifica para disputar la fase de ascenso en Lugo sin premio. El CB Huelva realizó una gran fase regular y se clasificó para disputar la Copa Príncipe de Asturias en Torrelavega, aunque cayó en semifinales ante el Gijón Baloncesto. En la 1992/93, el Monte Huelva de Manuel Fernández Rey, “Pirulo”, cuadra la mejor temporada de su historia y llega a la última fase del playoff de ascenso, quedándose a las puertas de la Liga ACB frente al CB Cornellá. El estreno del nuevo club se produciría en una categoría que también iba a ver la luz ese año, la Liga LEB.
Hoy en día, es el segundo deporte más practicado del país. El equipo onubense recuperaba el factor cancha y, aunque perdió el segundo partido fuera (84-78), tendría la posibilidad de lograr la salvación en el Andrés Estrada. Unicaja acabó la temporada como el tercer mejor equipo de Europa tras perder en semifinales contra el CSKA Moscú y derrotar en el partido por el tercer puesto al TAU Vitoria. Onubenses y andorranos se jugarían un puesto para la siguiente temporada en la Liga ACB, los dos equipos ganaron los dos enfrentamientos en sus canchas y todo se decidiría en el quinto partido de la serie, un Andrés Estrada abarrotado llevó en volandas a su equipo que ganó 76-73 el fatídico partido. A estos se les sumaron los veteranos de los Dallas Mavericks y Atlanta Hawks, Jason Terry y Jason Collins, más la llegada del ex Rockets Courtney Lee quien llegó a través de transferencias que incluyeron varios equipos y que determinó la llegada de Lee y la salida de Pavlovic.